欧洲淋病奈瑟菌多重耐药性克隆体的公共卫生监测

用传统方法研究淋病奈瑟菌分子流行病学的效果并不理想，而全基因组测序（Whole-genome sequencing，WGS）可以提供理想的解决方案，来描述人群中的疾病动态，预测、推断耐药性菌株的传播，并可以结合流行病学数据，加强对疾病传染的控制。2018年7月的《The Lancet. Infectious diseases》刊载了一项研究，结合了相关的流行病学数据和表型数据，使用WGS，描述了来自20个欧洲国家的淋球菌群，详细地描述表型细菌耐药水平的变化（以及这些变化的原因）和菌株的分布（重点关注危险群体中的耐药性菌株），并利用WGS数据预测细菌的耐药性。

研究者们开展了一项观察性研究，对2013年9月至11月期间 “欧洲淋病球菌耐药性监测计划”下20个国家的淋病患者的淋病分离菌株进行了基因测序。还开发了一个网络平台，用于自动预测细菌耐药性，分子分型【淋病奈瑟菌多抗原序列分型（NG-MAST）和多位点序列分型】，并结合流行病学和表型数据对菌株的系统发育进行聚类。

研究发现，具有多重耐药性的NG-MAST基因组G1407占主导地位，大部分的头孢菌素耐药性都由其产生，但该基因组的流行率从2009年至2010年占1066个菌株的248株（23%）下降到2013年1054个菌株中的174株（17%）。这个基因组在先前研究中的关联关系表现在与男性有性关系的男性身上，但后来变成了与异性性关系者有关联关系（优势比=4.29）。WGS大大提高了NG-MAST和多位点序列分型的分辨率和精确度，能较好地预测细菌耐药性，发现与危险群体有关的差异性分离菌株、混合感染或污染物、以及多重耐药菌的进化分支。

研究者们首次在针对区域性传播疾病监测的国际计划中，将WGS和流行病学数据联合起来做分析。运用WGS能够更深入地了解国家层面和区域层面几个风险群体中耐药性菌株克隆体的分布，包括用抗菌药物敏感度更高的克隆体替换耐药性克隆体。通过标准化取样方法和WGS的使用，研究者们提供了一个能监测淋病球菌基因组的基本框架，同时通过使用开放存取软件，提供了一个能解读和传播信息的共享信息架构。

该研究由欧洲疾病预防和控制中心、基因组病原体监测中心、厄勒布鲁大学附属医院、惠康基金会赞助。

原文出处：Harris SR, Cole MJ, Spiteri G, et al. Public health surveillance of multidrug-resistant clones of Neisseria gonorrhoeae in Europe: a genomic survey[J]. Lancet Infect Dis. 2018 Jul;18(7):758-768. doi: 10.1016/S1473-3099(18)30225-1.

链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29776807