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【新型冠状病毒】武汉地区8 274例受检者新型冠状病毒核酸检测及合并感染结果分析 ...

面气灵 2020-3-5 475人围观 医学


DOI:10.3760/cma.j.cn114452-20200222-00106

作者:汪明1,吴青1,徐万洲1,乔斌1,王京伟1陈振1郑红云1,姜树朋1,梅骏驰1,吴泽刚1,邓亚云1,周方元1,吴薇1,张艳1,吕志华1,黄景涛1,郭晓倩1冯丽娜1,夏尊恩1,李迪1,刘天罡2,张平安1,童永清1,徐之良3,李艳1

汪明和吴青对本文有同等贡献

单位:1武汉大学人民医院检验医学中心2武汉大学药学院教育部组合生物合成与新药发现教育部重点实验室3武汉大学人民医院儿科

通信作者:李艳,Email: yanlitf1120@163.com

徐之良,Email: zlxu-rm@163.com


摘要

目的

探讨武汉地区2019新型冠状病毒(2019-nCoV)核酸检测病例的阳性率及合并其他病原体感染的情况,为COVID-19的实验室检测及临床治疗提供参考。


方法

本研究为横断面研究,采用荧光定量PCR方法检测2020120日至29日在武汉大学人民医院就诊的COVID-19疑似人群8 274例,标本类型包括呼吸道标本(鼻咽、口咽、痰和肺泡灌洗液)和非呼吸道标本(尿、粪便、肛拭子、血液和结膜囊拭子)。以核酸检测结果分组,ORF1abN基因同时阳性归为核酸检测阳性组;同时阴性归为阴性组;单一基因靶标阳性归为可疑组。以性别分为男性组和女性组。同时对其中316例进行非2019-nCoV感染的13种常见呼吸道病原体多重PCR检测。


结果

8 274受检者中,2 745例(33.17%2019-nCoV核酸检测结果为阳性,5 277例(63.77%)结果为阴性,252例(3.05%)结果为可疑。2019-nCoV阳性组和可疑组年龄均高于2019-nCoV阴性组(56>40, t=27.569, P<0.00152>40, t=6.774, P<0.001)。2019-nCoV阴性组中其他常见呼吸道病原体核酸阳性率(18.4%)高于2019-nCoV阳性组其他常见呼吸道病原体核酸阳性率(5.77%),差异有统计学意义(χ2=24.105P=0.003)。4种呼吸道标本和5种非呼吸道标本均可检出2019-nCoV核酸。


结论

男性2019-nCoV 核酸阳性率高于女性,2019-nCoV核酸阳性患者会发生合并感染,非呼吸道标本也存在2019-nCoV病毒。



201912月底以来,新型冠状病毒肺炎在中国武汉暴发并席卷全国,目前已有7万多人感染,死亡人数超过千人[1],且日本、泰国、新加坡、朝鲜等国家均有病例报道[2]202017日,研究人员从一名武汉患者体内成功分离出病毒并进行了全基因组测序[3-4]2019-nCoV属于正冠状病毒亚科的Sarbecoronavirus亚属中的一个分支,与中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)和SARS冠状病毒(SARS-CoV)不同,是感染人类的冠状病毒家族的第七个成员(4)2019-nCoV感染者的临床特征与SARS冠状病毒类似,均会引起严重呼吸道疾病,但也有许多不同的特征[5]2019-nCoV病毒更容易传播,潜伏期更长[6-7]JAMA报道了Wu[8]的一项中国地区包含72 314例病例的统计报告,其中无症状病例占1%,无症状感染者的存在使2019-nCoV的传播更为隐匿,加大了疫情防控的难度。对2019-nCoV感染者进行快速检测、准确诊断是疫情防控的关键。JAMA报道了中国疾病预防与控制中心汇总的全国72 314例新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的流行病学特征,但缺乏2019-nCoV合并感染的数据[8]本研究通过分析武汉地区8 2742019-nCoV核酸检测受检者的实验室特征及合并感染的情况,为COVID-19的实验室检测及临床治疗提供参考。


对象与方法

一、对象

纳入COVID-19暴发初期即2020120日至29日于武汉大学人民医院进行2019-nCoV核酸检测的所有受检者共计8 274例,男3 634例,女4 640例。其中新生儿25例,儿童344例,成人7 905例。年龄从1天到105岁,中位数46岁。本研究通过了武汉大学人民医院临床研究伦理委员会的批准(WDRY2020-K061),所有受试者或监护人均签署知情同意书。受检者的2019-nCoV开放读码框1abopen reading frame,ORF1ab)和核壳蛋白(nucleoproteinN)基因同时阳性,归为阳性组;受检者以上两种靶标同时阴性归为阴性组;只有一个靶标阳性而被归为可疑组。


二、方法

1. 标本的收集:受检者标本由专业医护人员采集,及时转运至分子病原实验室检测。标本检测前置于56 ℃灭活45 min。同时收集了部分非呼吸道标本进行2019-nCoV核酸检测。标本类型包括呼吸道标本(鼻咽、口咽、痰和肺泡灌洗液)8 274份和非呼吸道标本(尿、粪便、肛拭子、血液和结膜囊拭子)175份;呼吸道标本为临床常规检测标本,非呼吸道标本为尝试性检测标本,不作主要临床诊断依据。


2. 仪器:PCR仪为美国Thermo公司的Veriti梯度PCR仪、Quantstudio Dx7500型荧光PCR仪,毛细管电泳使用美国Thermo公司的3500Dx测序仪。


3. 试剂及判断标准:2019-nCoV核酸检测试剂盒分别为上海捷诺公司、上海伯杰公司、江苏硕世公司、上海辉睿公司和湖南圣湘公司的新型冠状病毒2019-nCoV核酸检测试剂盒,以2019-nCoV核壳蛋白N基因、开放读码框ORF1ab为检测靶标。最初使用上海捷诺公司的试剂盒,用其核酸阳性再去筛选其他四种试剂盒;选择阳性率高,且单一基因阳性少的试剂盒作为常规检测试剂盒。13项呼吸道病原体检测由宁波海尔施基因公司提供。2019-nCoV核酸检测结果确认为阳性需满足同一份标本中ORF1abN基因双靶标检测结果同时阳性,或两种标本同时出现单靶标阳性,或同类型标本两次单靶标阳性的检测结果,该患者被定义为实验室确认(laboratory-confirmed[9]


4. 2019-nCoV核酸提取及RT-PCR检测:灭活后的样本取300 µl,使用半自动核酸提取仪及配套试剂盒提取核酸,核酸检测采用RT-PCR法(一步法)检测,检测结果判读以各厂家说明书建议为准,对可疑结果应通知临床重新采样复查。


5.2019-nCoV呼吸道病原体检测:13项呼吸道病原体检测项目可用于筛查腺病毒(B亚群、C亚群、E亚群)、博卡病毒、甲型流感病毒(INFAH7N9H1N1H3N2H5N2)、乙型流感病毒(V系、Y系)、冠状病毒(229EOC43NL63HKU1)、偏肺病毒(A1A2B1B2)、副流感病毒(1型、2型、3型、4型)、呼吸道合胞病毒(A型、B型)、鼻病毒(ABC)、肺炎支原体、沙眼衣原体、肺炎衣原体等13种常见呼吸道病原。核酸提取后对病原核酸进行多重PCR扩增,扩增完成后使用测序仪进行毛细管电泳分离不同病原核酸片段,结果判读遵循生产商使用说明。


三、统计学方法

采用SPSS 19.0软件进行数据处理。非正态分布的连续变量以中位数(四分位数)表示,分类变量以百分数表示,P<0.05为差异有统计学意义。


结果

一、8 274例受检者年龄和性别特征

1. 8 2742019-nCoV核酸受检者中,年龄经Shapiro-Wilk检验为非正态分布,中老年者居多。2019-nCoV核酸检测结果阳性为2 745例(33.17%),阴性为5 277例(63.77%),可疑为252例(3.05%)。2019-nCoV核酸阳性年龄中位数为56岁,可疑组年龄中位数为52岁,阴性年龄中位数为40岁,其前二组人群高于后一组人群(t=-27.569, t=-6.774, P<0.001)。男性阳性率35.99%,高于女性阳性率30.97%,差异具有统计学意义(χ2=234.803P<0.001)。结果见表1


二、2019-nCoV合并其他呼吸道病原体感染情况分析

316例受检者同时检测了13种其他常见呼吸道病原体核酸。2019-nCoV核酸阳性的受检者104例,2019-nCoV核酸阴性的受检者212例。2019-nCoV核酸阳性的受检者中,13种其他常见呼吸道病原体合并感染者占5.77%2019-nCoV核酸阳性的受检者感染其他呼吸道病原体比例低于2019-nCoV核酸阴性者,差异有统计学意义(5.77% >18.4%, χ2=24.105, P<0.001),结果见表2


三、不同类型样本2019-nCoV核酸检出情况

对多种呼吸道标本和非呼吸道的标本进行2019-nCoV核酸的检测,结果发现,8 274份呼吸道标本(鼻咽、口咽、痰和肺泡灌洗液)和175份非呼吸道标本(尿、粪便、肛拭子、血液和结膜囊拭子)中均可检出2019-nCoV核酸阳性,见表3


讨论

对于2019-nCoV核酸阳性率,本研究发现在8 274例核酸受检者中,2 745例(33.17%2019-nCoV核酸检测阳性,5 277例(63.77%)阴性,252例(3.05%)由于只有一个靶标基因阳性而归为可疑。初次检测仅一个靶基因阳性的检测结果,是一种值得关注的情况。从临床检验的角度来看,可能有以下原因:(1)样本采集问题。样本的好坏会极大影响临床检测结果。首先,关于样本种类,一般公认下呼吸道样本检出率高于上呼吸

来自: 中华检验医学杂志
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