Omicron 阳性案例检测结果如何判读分析？

新型冠状病毒奥密克戎（2019-nCoV-Omicron）病毒谱系在 2021 年 11 月 22 日由南非首次报告，由于此变异株具有高度传染性和免疫逃逸机制，使得其迅速取代德尔塔毒株在全世界七十多个国家和地区迅速广泛传播。

近期在我国广州、天津等地相继出现奥密克戎变异株境外输入病例和本土病例。快速有效的核酸检测是防止奥密克戎变异株传播的关键手段。临近年关，各地疾控防疫工作繁重，实验室人员也急需掌握 omicron 的核酸检测工作。由于近期有幸接触 omicron 核酸实验，特此分享。

本实验室于 2022 年 1 月 6 日 ~ 1 月 8 日陆续接到某境外航班隔离点送检的隔离人员鼻拭子和咽拭子双采样本，采用武汉明德和上海伯杰的 2019-nCoV 新冠病毒核酸检测试剂盒，检测结果如表 1。

考虑到此境外航班出发地近期有 omicron 感染病例报到，遂增加 omicron 变异株核酸检测。

采用上海伯杰新型冠状病毒 2019-nCoV-Omicron 突变核酸检测试剂盒（荧光 PCR 法）检测。

本突变株试验采用实时荧光 PCR 技术，针对 2019 新型冠状病毒的 ORF 基因保守区域设计特异性引物和 Taqman 探针，并采用 ARMS-qPCR 的原理，以新型冠状病毒 2019-nCoV 的 S 蛋白中突变位点 K417N、E484A、N501Y 的突变信息设计特异性引物和 TaqMan 探针，通过荧光定量 PCR 仪进行扩增，检测新型冠状病毒阳性样本是否含有上述突变位点，从而实现对野生型新型冠状病 2019-nCoV 与突变株 Omicron (B.1.1.529) 的鉴别。

实验体系配置分为 A/B 两种，A 管反应液包含 2019-nCoV ORF1ab、S（E484A）引物和探针；B 管反应液包含 2019-nCoV S (417N)、S (N501Y) 引物和探针。按照试剂盒说明书操作实验，结果如下表 2。

表 2  2019-nCoV-Omicron 突变株核酸结果

四个检测靶标的阴性对照均无 CT 值，阳性对照 CT 值均 ＜ 35，此次实验有效。

阳性结果判读标准：

1，参比基因 ORF1ab 阳性参考值为 CT 值 ≤ 42

2，突变位点阳性参考值为 CT 值 ≤ 42，且突变位点与参比基因的 CT 值差值 ≤ 6。

3，三个突变位点 CT 值均符合上述标准，才可判断为 Omicron（B.1.1.529）突变株核酸阳性；否则仅可提示突变位点，不做突变株判定。

具体突变位点判断结果分析如下表 3.

表 3 突变位点判断结果分析

综上实验分析，此次四份送检样本均为 2019-nCoV-Omicron 变异株阳性。

实验中遇到的问题：

1，第一次使用此变异株检测试剂盒时，计算变异位点与参比基因差值时，E484A 基因与 ORF1ab 基因差值易出现在临界值的情况，对结果判读会造成影响，可能需要重复实验或者更换不同厂家提供的试剂盒佐证。

2，2019-nCoV 核酸检测结果若 N 或 ORF1ab 基因 CT 值偏大，则 Omicron 突变位点阳性概率较低，可在实际工作中提供一部分参考。

3，不同厂家提供的变异位点核酸检测试剂盒的靶标位点不同，有灰区结果导致无法分析是否为变异株时，需要采用不同试剂盒重复实验。