《靶向二代测序在感染性疾病诊疗中的规范化应用专家共识2025》解读 ...

感染性疾病诊疗的核心，在于快速精准锁定病原体。近年来，靶向二代测序（tNGS）凭借“靶向捕获、高灵敏度、低成本”等优势，成为临床抗感染的“新宠”。但这项技术该怎么用才规范？适用哪些场景？结果如何解读？《靶向二代测序在感染性疾病诊疗中的规范化应用专家共识2025》正式发布，今天就带大家快速读懂这份共识的核心要点及应用。

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一、tNGS和mNGS的比较

tNGS和mNGS都是以高通量测序和生物信息学分析为基础，辅助诊断病原微生物的技术手段，但二者在检测范围、检测成本、检测性能等方面存在差异，表1

共识1

相对于mNGS，tNGS具有靶向性、测序数据量要求低、生信分析难度低、检测范围窄、检测成本低、灵敏度高、检测周期短的特点。

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二、tNGS的应用场景和优势

90%以上mNGS阳性检出病原微生物种类不超过200种，而tNGS的检测范围主要针对常见、致病相对明确的100~300种病原微生物，可满足大部分感染性疾病诊疗需求。

与mNGS相比tNGS也有局限性：仅覆盖已知病原体，可能漏检罕见菌。具体开展病原微生物检测种类受所在实验室开展项目限制。

共识2

疑似血流感染，建议抗菌药物使用前、抗菌药物疗效差、停用抗菌药物24 h后或下次用药前同步送检tNGS和血培养。

共识3

疑似呼吸系统感染，常规用药效果不佳，3 d内病原学检测阴性或重症感染时，推荐送检tNGS。

共识4

疑似tNGS检测范围内特殊病原体感染（如螺旋体、军团菌、支原体、衣原体、分枝杆菌等）且病情进展快或病程长的患者，免疫抑制、合并基础疾病、反复呼吸系统感染等病情危重者，有临床症状、影像表现或者血清学表现但规范抗感染治疗无效者，推荐送检tNGS。

共识5

疑似罕见或新发病原感染，不在tNGS检测范围内，推荐mNGS检测。无法获得优质样本时，不建议送检mNGS或tNGS。

共识6

疑似泌尿系统感染，推荐优先采用尿培养明确感染的病原体，当尿培养阴性或无法明确病原体时，如果有特殊病原体感染史或暴露因素等，推荐采用靶向PCR；如果无病原体怀疑方向时，推荐送检尿tNGS。

共识7

疑似中枢神经系统感染，若3 d内未明确感染病原体且抗感染经验性治疗无效，推荐送检脑脊液tNGS。

共识8

疑似tNGS检测范围内特殊病原体（隐球菌、脑膜炎双球菌、结核分枝杆菌等）且病势迅疾或迁延感染患者，建议送检tNGS。

共识9

疑似局灶性感染，3 d内常规病原学检测阴性，经验性用药治疗效果不佳，或疑似检测范围内特殊病原体且病势迅疾或迁延者，推荐送检tNGS。

共识10

疑似其他感染，无法明确感染源，或病情持续进展及抗感染治疗无效，推荐送检tNGS。对于复杂感染、多重感染需判断主要病原体，以及明确急、危、重症患者感染源时，建议首选mNGS。

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三、样本采集规范

所有样本采集应严格执行无菌操作，同时尽量在抗微生物药物首次或下一次使用前采集标本，及时送检。此外，无菌操作仍有可能引入其他非目标微生物的核酸，尤其是采样部位的定植微生物。为保障检测质量，需根据感染类型规范送检 。

共识11

根据不同感染类型，推荐不同样本类型和采集容器，并按不同的采集时机、采集要点、样本量要求、保存和运输条件规范送检，样本采集规范参考宏基因组检测或常规微生物采集要求。

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四、实验室检测

共识12到共识20（省略，见《靶向二代测序在感染性疾病诊疗中的规范化应用专家共识2025》

样本保存和转运

样本收集要求:

1.血液样本：3-5mL(EDTA抗凝管/游离DNA保存管)

2.脑脊液样本:大于1 mL(避免离心损失病原体，无菌离心管)。

3.新鲜组织样本:大于50mg组织保存液(如RNAlater)

4.石蜡组织样本：每张切片面积大于25mm²，10-20张切片

样本处理及保存方法：

1.血液样本

全血2-8℃保存不超过4小时，采血后4小时内完成血浆分离，-80℃保存，专用保存液(如DNA/RNA Shield)可稳定核酸72小时；游离DNA -20℃保存，使用游离DNA保存管，并避免反复冻融

2.脑脊液样本

脑脊液2-8℃保存不超过4小时，-20℃保存不超过1周，检测时间长于1周的样本需-80℃保存，并避免反复冻融

3.新鲜组织样本

新鲜组织离体30分钟内置于组织保存液中（如RNAlater）

4.石蜡组织样本

室温避光保存，但需注意核酸降解(建议1年内检测)

（眼内液检测、保存及转运方式下一期详细说明）

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五、临床解读

正式报告中，致病、条件致病和定植/微生态微生物是基于特定样本类型中病原体的致病性进行分级，具体是否为病原体，需综合临床情况进行判断。

共识21

致病性微生物，建议考虑为病原体。条件致病微生物，建议结合免疫状态、宿主因素、理化指标、影像特征、用药史、治疗效果、传统微生物检测结果等，综合判断是否为病原体。

共识22

定植或微生态微生物，一般不考虑为病原体；如为免疫抑制或与其他微生物检测结果一致或与临床诊断相符，建议作为病原体依据之一。

共识23

• 耐药基因，建议主要关注临床常见导致耐药的调控基因。
• 革兰阴性杆菌或肠杆菌科，建议关注头孢菌素耐药相关的blaCTX-M、blaSHV、blaTEM等基因；
• 碳青霉烯类耐药相关的blaNDM、blaKPC、blaIMP、blaVIM、blaOXA-23、blaOXA-48、blaOXA-51等基因；
• 甲氧西林耐药相关的mecA等基因;
• 万古霉素耐药相关的vanA、vanB、vanC等基因；
• 大环内酯类耐药相关的核糖体23S rRNA基因突变；
• 结核分枝杆菌一二线用药相关的基因突变及非结核分枝杆菌耐药相关的erm、rrl等基因。

三、哪些眼部感染该用tNGS？

根据共识中“局灶性感染”的推荐原则，结合眼部感染特点，这些情况尤其适合做tNGS：

• 怀疑细菌性角膜炎、角膜溃疡，涂片和培养都是阴性，视力还在下降；
• 眼内炎患者，紧急取样后传统检测没结果，需要尽快明确病原体；
• 长期使用激素或免疫抑制剂的患者，眼部反复感染，找不到病因；
• 怀疑特殊病原体感染（如结核分枝杆菌、棘阿米巴），病情进展快或治疗效果差。
• 反复发作的不明原因的葡萄膜炎需排除感染患者；

注意:

tNGS不能检测罕见或新发现的病原体，如果高度怀疑这类感染，可能需要结合mNGS进一步排查;

眼部样本量均偏少，取材时需和检验科室确认样本量要求，结果应结合临床综合判断