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不同灭活方法对新冠病毒核酸检出率的影响

班木芙兰 2020-6-4 141人围观 技术



《Journal of Clinical Microbiology》

新冠肺炎(COVID-19)目前在全世界多个国家爆发流行,新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测目前是实验室病原检测的金标准。为保护实验室检测人员不受感染,大多数实验室使用灭活标本进行核酸检测。近日,西安市疾病预防控制中心马超锋团队和清华大学医学院郭永团队合作,利用绝对定量的微滴数字PCRddPCR)技术检测新冠病毒N基因和ORF 1ab基因,比较了TRIzol 试剂、不同温度的热灭活方法对临床样本中新型冠状病毒基因拷贝数的影响,为实验室选择适宜灭活方法且提高检出率提供了科学依据。该研究结果在Journal of Clinical Microbiology发表(doi:10.1128/JCM.00958-20)。




实验方法


该研究收集了61份新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测阳性的鼻咽拭子标本,采用了以下几种灭活方法:1TRIzol试剂在室温下灭活10分钟(1:4);2、在56℃水浴中加热30分钟;3、高温处理,包括121℃高压20分钟、100℃沸水浴煮沸20分钟、80℃水浴加热20分钟。该研究发现,与原始样品中的RNA量相比,TRIzol处理破坏了47.54%N基因和39.85%ORF 1ab基因;5630分钟加热处理后,N基因和ORF 1ab拷贝数分别减少48.55%56.40%;在80℃加热20分钟后,病毒RNA拷贝数下降了50-66%121℃高压灭菌或100℃煮沸20分钟破坏了绝大部分病毒RNA,几乎未检测到病毒RNA


图1.TRIzol处理对生物标本中新冠病毒基因拷贝数的影响


图2.56℃30分钟处理对生物标本中新冠病毒基因拷贝数的影响


图3.80℃、100℃及12120分钟处理对生物标本中新冠病毒基因拷贝数的影响



结果

该研究结果表明,灭活降低了可检测到的病毒RNA数量,尤其对于弱阳性标本,可能导致假阴性结果。相较于热灭活,TRIzol处理对病毒核酸拷贝数影响更小,因此更推荐使用TRIzol对临床样本进行灭活处理。


研究团队


陈海龙、吴瑞、邢远为该研究的共同第一作者,马超锋和郭永为该研究的共同通讯作者。该项目受到西安市新型冠状病毒肺炎疫情应急防治专项项目、清华大学疫情防控科技攻关应急课题、北京市科委新冠肺炎应急项目、新羿生物等单位的支持。

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