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新冠全基因组测序服务,正当时!

归去来兮 2023-1-5 154人围观 杂谈


江湖传言,北京的毒株是BF.7要凶猛一些

广东的毒株BA.5.2要柔和一点

“地狱犬”BQ.1.1在日本“杀疯了”

XBB毒株免疫逃脱能力更强,还能导致严重腹泻?


如果新冠病毒挥之不去,那毒株亚型的鉴别会不会成为临床的一种新需求?基于这个问题,我们整理了一些资料,供大家研究。


从12月1日到目前,一共发现31个奥密克戎亚分支输入国内,仍是BA.5.2和BF.7占优势。


问题1:防病毒转为对症治疗,新毒株是否会引发新的症状?

许多病毒在不断变化,包括导致COVID-19的病毒。这些变化随着时间的推移而发生,并可能导致可能具有新特征的变体的出现,包括不同的传播方式。

目前新冠亚型的监测主要是由CDC来主导,未来极有可能会出现新的变种,而这些变种会不会诱发新的症状犹未可知,对于临床对症治疗的医生而言,可参考的检测结果也会由新冠阳性逐渐转向何种毒株。


如果聚焦到毒株亚型的鉴定和新亚种的发现,就无法依托于PCR技术实现了,只能通过基因测序的方式,通过新冠病毒全基因组检测来发现。

问题2:检测亚型的目的是什么?在临床上不单单只是流行病学调查
如果亚型监测是疾控来做,这个主要目的是为了流行病学调查,如果是临床做亚型鉴定,那么它的价值就不单单只是流行病学调查,而是有两个方面,第一个是新出现的病症的对症,是不是由新的毒株引起的,这个数据是很宝贵的;第二个是在一些特殊样本,比如说脑脊液、血液、组织等无菌样本中是否检出了新冠病毒,这也是有临床价值的。

所以目前新冠病毒的全基因组测序服务,正当时!


但我们认为该产品应该符合以下几个特点:
(1)对现有毒株鉴定,对新发现毒株预警
对现有毒株鉴定这个实现起来并不难,但是对于一些不在数据库的毒株发现,数据的分析及报告模式是需要去深入研究的。

(2)成本要低,样本要多样化
新冠全基因组测序服务更多的还是对于一些重症的人群,考虑是不是出现了新的病症,新的亚型,往往病情都是比较危急,所用的标本类型也是比较多样化的。成本 的问题一直是测序服务的一个痛点,但是也不是没有办法降,这是一个量价比问题,运营好了,成本也可以很低。

(3)送检规范,防污染
现在基本是三步一个小阳人,五步一个阳康,临床取的标本,从取到实验室的过程中,如何保证规范,隔绝环境与样本间的病原沟通,是一个非常关键的问题。

(4)数据库要及时更新
关于新冠基因组分析和毒株的鉴定,一方面需要有全面的数据库,一方面也需要有较强的生信分析能力。

关于新冠全基因组测序服务,此前市面上已经有很多种了,但是大部分都是用于流行病学调查,未来是不是有临床级、消费级的新冠全基因测序服务的产品快速出现,还是非常值得期待的!

以上部分数据来源于GISAID
以上仅代表作者锁炎的个人观点,不作为投资参考

来自: IVD从业者网 | 作者:锁炎
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