【指南与共识】呼吸道感染病原体分级检测策略与分层应用专家共识（2026版） ...

（一）共识使用者与目标人群

本共识主要面向呼吸与危重症医学科、感染病科、急诊科、重症医学科、儿科、检验科及医院感染管理等专业人员。

（二）共识制定工作组

本共识编写组由检验医学、呼吸与危重症医学、感染病学、儿科学、医院感染管理等多学科专家组成。编写组设牵头专家3名，负责共识的总体设计与方向把控；下设专家组、执笔组与秘书组。专家组负责关键临床问题遴选、证据评价与推荐意见审议表决；执笔组负责共识注册、文献检索、证据整理、制定调查问卷、初稿撰写，并根据专家意见进行多轮修改；秘书组负责会议组织与材料汇总。所有专家均签署利益冲突声明，不存在与本共识撰写内容直接相关的利益冲突。

（三）关键问题遴选

专家组在系统文献调研与临床实践的基础上，围绕“检测指征、技术选择、升级时机、结果解读及质量保障”初步拟定候选临床问题，经问卷调查征询意见、专家小组会议充分讨论后，遴选本共识拟解决的关键临床问题。（1）常规微生物学、免疫学检测、NAAT和高通量测序的临床定位；（2）不同层级医疗机构的检测能力建设与转诊协同；（3）不同临床场景下的检测路径；（4）质量与生物安全管理。

（四）证据检索

系统检索PubMed、Embase、Cochrane Library、中国知网、万方数据知识服务平台，检索时限为2019年1月至2026年2月。以“respiratory tract infection”“pathogen”“antigen detection”“molecular diagnostics”“multiplex PCR”“syndromic panel testing”“metagenomic next-generation sequencing/mNGS”等及其中文对应词为核心检索词构建检索策略，辅以手工检索相关指南、系统评价及核心文献的参考文献。优先纳入高质量指南、系统评价及前瞻性临床研究，排除会议摘要、无临床结局数据及存在严重方法学缺陷的低质量文献，经双人独立复核以确保循证依据可靠。

（五）证据评价、推荐意见形成与共识达成

1. 证据质量评价与推荐强度分级：采用针对诊断性证据改良的推荐分级的评估、制定与评价（Grading of Recommendations Assessment，Development and Evaluation，GRADE）系统对证据体进行评价。诊断准确性评价综合考虑敏感度、特异度、预测值等诊断效能指标，以及检测结果对患者重要临床结局（如抗菌药物使用、住院时长、病死率等）的潜在影响；据此将证据质量分为高、中、低、极低4级，推荐强度分为强推荐与条件推荐2级，证据等级与推荐强度分级标准见 表1 。

（一）传统微生物学与免疫学检测的临床定位

传统微生物学检测是RTI病原学诊断与抗微生物药物管理的基础。呼吸道标本培养提供局部病原学依据，血培养则是识别RTI合并血流感染，尤其是重症社区获得性肺炎（severe community-acquired pneumonia，SCAP）的关键手段 ^{［ 10 ， 32 ］} 。分子诊断技术在快速识别病原、筛查耐药基因方面具有优势，但尚不能覆盖全部表型耐药机制，不能替代表型药敏试验 ^{［ 29 ］} 。标本质量与采集时效影响病原学诊断的可靠性。病原学标本应在经验性抗感染治疗启动前规范留取并及时送检 ^{［ 8 ， 17 ］} 。对于疑似下呼吸道感染患者，应优先采集下呼吸道标本，首选支气管肺泡灌洗液（bronchoalveolar lavage fluid，BALF），对不能耐受支气管镜检查者，可采用诱导痰替代；如仅能留取自然咳痰，须经革兰染色镜检评估合格性后方可纳入临床解读 ^{［ 8 ， 17 ， 32 ］} 。

推荐意见1 对拟住院治疗并准备启动经验性抗感染治疗的RTI患者，尤其SCAP、医院获得性肺炎（hospital-acquired pneumonia，HAP）、呼吸机相关性肺炎（ventilator-associated pneumonia，VAP）患者及免疫功能低下患者（immunocompromised host，ICH），建议在经验性抗感染治疗前留取合格的下呼吸道标本进行病原学检测，首选BALF，对不能耐受支气管镜检查者可采用诱导痰替代；对SCAP患者及其他疑似合并血流感染者，应同步规范采集血培养（经不同部位独立静脉穿刺，至少2套）（证据等级：高；推荐强度：强推荐）。

免疫学检测中，抗原检测/居家自测可用于RTI流行季的快速筛查及公众自我健康管理，但阴性结果不能排除感染 ^{［ 7 ， 13 ］} 。呼吸道病原体特异性抗体不宜作为急性期病原学诊断的首选，但其与核酸检测在感染病程的检出时相上具有互补性 ^{［ 3 ， 13 ， 19 ］} 。对呼吸道病毒等急性感染，病程中后期因病原体载量下降核酸检测转阴，而特异性免疫球蛋白M/免疫球蛋白G滴度则多显著升高 ^{［ 3 ］} ，二者联合应用有助于覆盖不同感染阶段，提高确诊率；对于肺炎支原体、肺炎衣原体等血清学诊断标准明确的非典型病原体，急性期与恢复期双份血清抗体滴度≥4倍具有诊断意义，颗粒凝集法单份血清抗体滴度≥1∶160可作为肺炎支原体近期感染的判定标准 ^{［ 19 ， 32 , 33 ］} 。

推荐意见2 RTI病原学诊断方法的选择应结合临床场景、检测目的与检测可及性。具备条件的医疗机构优先采用核酸检测；当不具备核酸检测条件时，流行季可用抗原检测进行快速筛查，阳性具有诊断参考价值，阴性结果不能排除感染；抗原阴性但临床高度怀疑感染者，应行核酸检测复核；无法立即送检时建议在24~48 h内完成（证据等级：高；推荐强度：强推荐）。

推荐意见3 呼吸道病原体特异性抗体检测反映宿主免疫应答，受感染窗口期影响，不宜作为急性期病原学诊断的首选方法，与核酸检测联合应用可以覆盖感染病程不同阶段；对肺炎支原体、肺炎衣原体等非典型病原体，急性期与恢复期双份血清抗体滴度≥4倍升高具有诊断意义，其中颗粒凝集法单份血清抗体滴度≥1∶160可作为肺炎支原体近期感染的判定标准（证据等级：中；推荐强度：条件推荐）。

（二）核酸检测结果的合理解读

循环阈值（cycle threshold，Ct）仅能反映特定试剂、仪器及标本中的相对核酸水平，受采样质量（尤其是呼吸道标本的非均一性）、提取效率、靶标设计及扩增效率等多因素影响。低Ct值在流行季可作为传染性评估的参考之一；高Ct值则需结合临床甄别定植、感染后期或核酸残留等情况。不同仪器、试剂、方法学平台及靶基因间的Ct值通常不可直接比较，亦不应作为评估病情严重程度、传染性或调整治疗方案的单一依据 ^{［ 20 ］} 。Ct值在以下限定条件下可作为临床辅助参考：（1）灰区结果的复核判定；（2）多病原共检出时同一标本内各靶标的相对解释；（3）同一个体在同源条件（同一实验室、检测系统、标本类型、靶基因）下的动态趋势监测，且ΔCt应明显超过本实验室方法学重复性范围并与临床表现相符。

推荐意见4 Ct值仅代表特定检测条件下的相对核酸水平，不应跨平台、跨试剂、跨靶基因或跨标本类型直接比较，也不应作为判断疾病严重程度、传染性或调整治疗方案的单一依据。Ct值在以下限定条件下可作为临床辅助参考：（1）灰区结果的复核判定；（2）多病原共检出时同一标本内各靶标的相对解释；（3）同一个体在同源条件（同一实验室、检测系统、标本类型）下的动态趋势监测，且ΔCt应明显超过本实验室方法学重复性范围并与临床表现相符（证据等级：低；推荐强度：条件推荐）。

（三）快速分子检测与多重PCR的应用时机

快速分子检测和多重PCR的价值在于将“病原明确”提前至分诊、隔离和早期治疗决策之前，能否获益取决于检测对象是否合适以及结果能否及时改变临床决策。随机对照研究和系统评价提示，合理部署症候群分子检测可缩短病原导向治疗时间，但不恰当扩大适用对象将增加成本和误用风险 ^{［ 5 ， 24 ， 34 , 35 , 36 ］} 。

推荐意见5 发热门诊、急诊及重症监护室（intensive care unit，ICU）等对TAT要求高，建议优先部署核酸POCT或快速一体化分子检测，以实现快速病原诊断，支持早期关键医疗决策（证据等级：高；推荐强度：强推荐）。

推荐意见6 对SCAP、HAP/VAP及经验治疗效果不佳者，建议优先采用多重PCR/症候群组合进行病原检测，以覆盖常见病原体和耐药基因，减少重复送检或无序叠加单项核酸检测。检测结果需与标本类型、临床表型及传统微生物学检测结果联合解读（证据等级：中；推荐强度：强推荐）。

（四）高通量测序技术的阶梯式应用

多数常见RTI可通过常规NAAT或多重PCR明确病原 ^{［ 13 ］} 。tNGS/mNGS存在检测成本高、报告周期较长、临床解读复杂等局限，不适用于门急诊轻症患者的常规病原筛查。对常规治疗反应不佳的下呼吸道感染患者或常规检测阴性但临床仍高度怀疑感染者，在重新评估标本质量、病程阶段、宿主风险及非感染性病因后，可按“常规NAAT-多重PCR-tNGS/mNGS”的路径逐步扩展病原覆盖范围；对急危重症患者或ICH并发复杂感染者，若病情进展较快或高度怀疑罕见、混合感染，可跨越阶梯限制早期启用tNGS或mNGS ^{［ 37 , 38 , 39 ］} ，以缩短诊断时间窗并提高疑难病原体检出率。

推荐意见7 tNGS/mNGS不适用于门急诊轻症常规筛查；对常规治疗反应不佳或常规检测阴性但临床高度怀疑感染者，经标本质量、病程阶段、宿主风险及非感染性病因综合评估后，按“常规NAAT-多重PCR-tNGS/mNGS”的路径升级检测；对急危重症患者或ICH，若病情进展较快或高度怀疑罕见、混合感染，可跨越阶梯限制早期启用tNGS/mNGS（证据等级：中；推荐强度：条件推荐）。

（五）特定疾病检测路径与高通量测序的应用定位

肺结核和侵袭性肺真菌病是RTI病原学检测中容易被常规症候群检测策略遗漏、但临床后果严重的两类疾病。对于此类疾病，高通量测序检测手段不可替代标准化的特定疾病诊断路径。疑似肺结核时，应优先选择结核分枝杆菌的特异性分子快速诊断及耐药基因检测，必要时联合分子检测、培养与菌种鉴定，以鉴别非结核分枝杆菌（non-tuberculous mycobacteria，NTM）肺病 ^{［ 40 ］} ；疑似侵袭性肺真菌病时，应结合涂片、培养、半乳甘露聚糖（galactomannan，GM）试验、1，3-β-D-葡聚糖（1，3-β-d-glucan，G）试验、隐球菌荚膜抗原、真菌PCR（必要时）及影像学综合判断 ^{［ 41 ］} 。二者均不宜仅凭单次呼吸道症候群组合检测或高通量测序结果作为确诊或排除的最终依据 ^{［ 8 ， 42 ］} 。

推荐意见8 疑似肺结核、侵袭性肺曲霉病等特定病原感染时，应优先遵循特定疾病检测路径；高通量测序结果需与分子检测、涂片、培养、血清学标志物、病理或临床标准交叉验证，不宜替代特定疾病诊断标准（证据等级：高；推荐强度：强推荐）。

（一）各级医疗机构检测能力建设与功能定位

按疾病诊断相关分组（diagnosis related group，DRG）付费、按病种分值（diagnosis-intervention packet，DIP）付费的医保支付方式改革、检查检验结果互认制度及医疗服务价格项目规范化管理的政策环境下，各级医疗机构应依据功能定位、支付方式与价格政策，检测能力按“递进覆盖、向下兼容”原则，以指征为导向，合理配置病原学检测与感染生物标志物，承担相应的感染评估任务，形成上下联动的区域协同网络，避免高阶平台盲目配置与检测项目无序叠加。

1. 居家与基层医疗卫生机构（初筛与分流）：基层医疗卫生机构以早期识别和转诊分流为主要职能，项目设置应以低成本、能即时影响分流决策、操作简便、TAT短的基础检验项目为主，并纳入区域结果互认，减少重复检测。建议常规开展血常规、C反应蛋白（C-reactive protein，CRP）等基础感染标志物检测，并具备常见呼吸道病原体抗原检测能力，用于初步鉴别感染类型 ^{［ 7 ， 43 , 44 ］} ；有条件的机构可开展核酸POCT，并纳入实验室质量管理体系统一管理 ^{［ 25 ， 45 ］} 。

2. 二级综合医院（规范诊疗与医院感染控制）：以住院患者规范化感染评估为重点。应加强传统微生物学检测、常规分子诊断能力建设 ^{［ 10 ， 14 ， 32 ］} 。临床应规范执行经验性抗感染治疗前病原学送检要求 ^{［ 46 ］} ，结合降钙素原（procalcitonin，PCT）等生物标志物动态监测 ^{［ 47 ］} ，提高用药前送检率和抗感染治疗合理性。对疑难复杂感染病例的tNGS/mNGS等高阶检测，应建立规范的样本外送与结果回溯机制 ^{［ 48 ］} 。

3. 三级综合医院与区域医疗中心（疑难危重症救治与技术支撑）：以疑难危重症、ICH感染救治及新发突发病原体检测为重点。应建立涵盖多重PCR、tNGS、mNGS、耐药基因检测及疑难微生物培养鉴定的综合检测平台，严格执行指征管理，并结合细胞因子及病原特异性免疫功能监测，评估宿主与病原相互作用状态 ^{［ 8 ］} 。应建立常态化多学科诊疗（multidisciplinary team，MDT）机制，指导复杂检测结果的解读；同时为基层及二级医院提供样本代检、技术培训和质控支持 ^{［ 48 ］} 。

推荐意见9 基层医疗卫生机构应具备血常规、CRP等基础检验及抗原初筛能力，具备条件者可开展核酸POCT以支持分流决策；二级医院应常规开展传统微生物学、分子检测及PCT监测，规范执行经验性抗感染治疗前病原学送检要求；三级医院应建立涵盖多重PCR及高通量分子诊断、疑难病原鉴定及宿主免疫评估的综合检测平台，常态化开展MDT，发挥区域技术支撑作用，各级机构应结合功能定位、支付方式与结果互认政策合理设置检测项目，以指征为导向，避免高阶平台盲目配置与检测项目重复叠加（证据等级：低；推荐强度：强推荐）。

释义：本条推荐意见以医疗政策导向与实践经验为主，直接循证证据等级较低，但其对保障各级机构基本检测能力、优化资源配置、规范分级检测路径具有明确的整体获益，故经专家组充分讨论后给予强推荐。

（二）不同临床场景与疾病严重程度下的病原学分层应用路径

1. 门急诊流感样病例（influenza-like illness，ILI）的检测策略：门急诊ILI的检测扩展应以“是否影响即时处置”为核心判断标准，遵循两项原则：（1）检测结果能在就诊当次直接影响分诊隔离或抗病毒用药决策 ^{［ 49 ］} ，否则无需扩展；（2）老年人（≥65岁）、高危儿童（早产儿、6月龄以下婴儿、有基础疾病或免疫缺陷者）、合并慢性基础疾病者、孕产妇及拟住院患者，因病情进展风险较高，检测指征可酌情放宽 ^{［ 6 ］} 。对于免疫功能正常的普通患者，因感染大多呈自限性，不加区分的广泛联检不仅增加经济负担、延长门急诊停留时间，流行高峰期更易对门急诊通量造成冲击。儿童是RTI的主要人群，常见病原以呼吸道病毒为主（如呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒、腺病毒、流感病毒等），多可经上述抗原检测、多重PCR或症候群组合检测覆盖。其中，呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒、腺病毒等尚无特异性抗病毒药物，对免疫功能正常、病情自限的患儿，检测价值主要在于支持分组隔离与院内感染防控、减少不必要的抗菌药物使用，与本共识诊断驱动及抗微生物药物科学管理的导向一致；流感病毒、新型冠状病毒等具有特异性抗病毒药物，早期检出对高危儿童、孕产妇具有明确的用药指导价值，契合以“是否影响即时处置”为核心的检测扩展原则 ^{［ 6 ， 34 ］} 。

推荐意见10 处于流行季且检测结果将直接影响分诊隔离或早期抗病原体治疗决策的门急诊ILI患者，建议优先采用针对核心流行病原体的核酸POCT或抗原检测；对免疫功能正常的普通门诊患者，若无明确流行病学暴露史，不建议常规开展广谱多病原体联检；对于老年人（≥65岁）、高危儿童、合并基础疾病或免疫功能低下者，可根据流行病学和临床情景酌情放宽多重PCR等使用指征（证据等级：低；推荐强度：条件推荐）。

2. 社区获得性肺炎（community-acquired pneumonia，CAP）住院患者及SCAP的病原学评估：CAP住院患者的病原学策略强调“尽早、规范、基线化”，要点如下：（1）按推荐意见1规范留取合格标本，并将标本采集纳入入院当日及时医嘱，避免延误首份基线标本的送检。（2）经验性抗感染治疗后48~72 h是关键的临床再评估窗口。若症状无改善或影像学进展，应按推荐意见7的评估排查和阶梯路径升级检测。但高通量测序结果阴性不能作为排除感染的充分依据，需结合临床综合判断。（3）SCAP患者病情危重、进展较快，传统阶梯检测可能延误目标性治疗，应在临床疑诊后尽早留取下呼吸道标本同步进行传统微生物学检测、多重PCR与tNGS/mNGS ^{［ 11 ， 31 ， 36 ， 50 ］} ，同步送检血培养，覆盖病毒、细菌、真菌以及耐药基因，避免逐项等待结果后再升级。

推荐意见11 CAP住院患者入院24 h内完成经验性抗感染治疗前的基线病原学评估；经验性抗感染治疗48~72 h后疗效欠佳或病情进展者，按推荐意见7的评估排查和阶梯路径升级检测。SCAP患者应在合格下呼吸道标本规范微生物学检测的同时，早期同步加做多重PCR与tNGS/mNGS，并送检血培养（证据等级：中；推荐强度：强推荐）。

3. HAP/VAP的病原学评估：HAP、VAP患者病原谱以多重耐药菌（multidrug-resistant organism，MDRO）为主，且患者普遍存在抗菌药物暴露史。其标本采集和检测时机可参照SCAP的基线化与前移化策略，早期同步开展针对MDRO的多重PCR检测，重点关注产碳青霉烯酶肠杆菌目细菌、非发酵革兰阴性杆菌（鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌）及金黄色葡萄球菌等的相对丰度及关键耐药基因（如blaNDM、blaKPC、mecA等）检出情况。多重PCR等分子检测可在数小时内报告耐药基因，与传统表型药敏试验存在2~3 d的时间差 ^{［ 29 ］} ，鉴于关键耐药基因检出对表型耐药具有较高的阳性预测价值 ^{［ 18 ， 51 ］} ，故在表型药敏结果出具前，若合格下呼吸道标本的分子检测提示与患者临床高度相关的MDRO关键耐药基因强阳性，可作为早期经验性调整或升级抗菌药物的依据，并根据具体酶型/耐药基因选择对应方案，以缩短有效治疗的时间 ^{［ 18 ， 36 ］} ；但由于基因型耐药与表型耐药存在不一致性，不宜仅凭分子检测阴性结果降阶使用或停用关键抗菌药物，最终治疗决策应以规范的表型药敏试验结果为准 ^{［ 18 ， 29 ， 51 ］} 。分子耐药基因报告应结合标本质量、病原相对丰度及定植与感染鉴别进行综合解读 ^{［ 8 ］} 。若耐药基因结果与临床表现或表型药敏不符，或上述检测仍未明确病原且病情持续恶化者，建议经MDT综合评估感染与定植风险后，审慎启动mNGS进一步排查 ^{［ 31 ， 52 ］} 。

推荐意见12 HAP/VAP患者应在合格下呼吸道标本规范微生物学检测的同时，早期同步加做针对MDRO及关键耐药基因的多重PCR检测；在表型药敏结果出具前，若分子检测提示与临床高度相关的MDRO关键耐药基因（如blaKPC、blaNDM、mecA等）强阳性，可据具体酶型/耐药基因作为早期经验性调整或升级抗菌药物的依据；不宜仅凭分子检测阴性结果降阶使用或停用关键抗菌药物，最终治疗决策应以规范的表型药敏试验结果为准；未能明确病原且病情持续恶化者，经MDT评估定植与感染风险后审慎启动mNGS（证据等级：中；推荐强度：强推荐）。

4. ICH合并RTI的病原学评估：ICH包括但不限于血液系统恶性肿瘤患者、实体器官或造血干细胞移植后患者、长期使用大剂量糖皮质激素或其他免疫抑制剂患者、先天性免疫缺陷患者、人类免疫缺陷病毒感染未控制者等 ^{［ 53 ］} 。ICH合并RTI的病原学评估需有别于普通患者：（1）机会性感染及多病原混合感染发生率高，白细胞、CRP等炎症标志物对感染的响应常不典型，单一病原的“排除性”思维与传统阶梯式升级检测易导致漏诊与诊疗延误，故应在发病初期即按推荐意见7“跨越阶梯”原则采用广谱病原学筛查，因其合并血流感染风险高，同步规范采集血培养。（2）BALF mNGS是ICH合并RTI广谱筛查的首选手段，但在免疫功能低下背景下可能检出多种低载量病原体，需严格鉴别定植与感染。对检出的耶氏肺孢子菌或曲霉菌等机会性病原体，应结合免疫缺陷类型、临床与影像学特征 ^{［ 50 ， 54 ］} ，采用特异性实时荧光定量PCR（quantitative real-time polymerase chain reaction，qPCR）或组织病理学结果进行多维度确证；对检出的巨细胞病毒（cytomegalovirus，CMV）和EB病毒（Epstein-Barr virus，EBV）等，应结合血浆病毒DNA载量动态监测与组织病理学结果鉴别潜伏感染再激活、病毒血症与组织侵袭性感染；（3）当存在血行播散高危因素或因临床条件受限（如血小板重度减低）无法获取合格下呼吸道标本时，可加做外周血mNGS，优先采用血浆游离DNA（cell-free DNA，cfDNA）检测 ^{［ 16 ， 55 ］} ，以降低宿主背景、减少假阴性。样本应与血培养同步采集，使用乙二胺四乙酸（ethylene diamine tetraacetic acid，EDTA）抗凝管（采集量根据实验室及测序平台要求确定，一般为5~10 ml）或专用游离核酸保存管；EDTA抗凝者宜于采集后4~6 h内经两步离心去除细胞及碎屑分离血浆，避免溶血与白细胞裂解释放基因组DNA；不能及时检测时将血浆暂存于-80 ℃ ^{［ 55 , 56 ］} 。因血浆cfDNA对胞内及颗粒性病原体可能漏检，必要时可联合血细胞层一同检测 ^{［ 57 ］} 。外周血mNGS的灵敏度受循环病原体载量和高宿主背景影响，诊断价值不及BALF mNGS，应结合血清学标志物综合解读 ^{［ 17 ， 54 ］} 。

推荐意见13 ICH合并RTI时建议早期开展广谱病原学筛查，优先推荐BALF mNGS并同步送检血培养。无法获取呼吸道标本或疑有血行播散感染时，可加做外周血血浆cfDNA mNGS，与血培养同步采集、规范处理（EDTA或专用游离核酸保存管，及时分离血浆，必要时-80 ℃暂存）以降低假阴性；但其敏感度低于BALF mNGS，且对胞内及颗粒性病原体可能漏检，检测结果应结合血清学标志物综合解读；对检出的机会性病原体（如耶氏肺孢子菌、曲霉菌等）应结合临床、影像学及特异性qPCR等进行多维度确证，鉴别定植与感染；CMV、EBV等DNA病毒须结合血浆病毒DNA载量动态监测与组织病理学结果，鉴别潜伏感染再激活与侵袭性感染（证据等级：低；推荐强度：强推荐）。

释义：本条推荐意见的现有证据以回顾性及小样本研究为主，证据等级低；但ICH合并RTI起病隐匿、进展迅速，机会性及混合感染多见，病死率高，延误诊治后果严重，而早期广谱病原学筛查的高质量随机对照试验证据受伦理与可行性所限难以获取；鉴于早期明确病原对挽救此类危重患者生命的潜在获益明显大于检测相关风险与成本，依据GRADE方法学中针对危急重症的特定情形，专家组经充分讨论后给予强推荐。

综上，RTI患者的病原学评估应依据临床场景与疾病严重程度采取分层、差异化策略。各场景下的病原学检测路径见 图1 。

图1 不同临床场景下RTI病原学检测路径图

（一）分级检测体系下的实验室信息化与临床决策支持

实验室信息系统优化是RTI病原体分级检测体系实施的重要基础。医疗机构应结合分级检测需求，完善基层、二级、三级机构标本流转、外送检测与报告发布的全流程信息化管理。RTI病原体检测结构化报告应统一规范，核心包含病原体名称、半定量/定量参数（Ct值、序列数或相对丰度等）、耐药基因提示、检测局限性说明及定植/致病可能性判别，为跨层级结果互认提供数据基础 ^{［ 58 ］} 。医疗机构如委托院外检测机构开展mNGS、tNGS等复杂检测，应与院外检测机构签署明确的质量协议，约定标本采集与转运标准、检测流程、报告格式、报告时限、质控要求及结果解读责任。有条件的医疗机构可在电子病历系统中整合临床决策支持系统，可辅助临床合理选择病原检测项目、协助病原结果标准化解读 ^{［ 23 ， 59 ］} ；可探索适配RTI病原的人工智能（artificial intelligence，AI）辅助判读工具，建立危急值自动触发机制，实现法定呼吸道传染病、特殊耐药病原体检出后的院感预警与疾控直报衔接。

推荐意见14 建议医疗机构根据RTI病原体分级检测需求优化实验室信息系统，实现跨层级标本流转全流程可追溯与规范化结构化报告输出；委托院外检测机构开展高通量测序等复杂检测时，应签署明确的质量协议，约定标本采集与转运、检测流程、报告格式、报告时限及结果解读责任；在电子病历系统中整合临床决策支持系统或AI辅助工具，支持分层诊疗下检测项目合理选择、病原结果标准化解读及危急值预警衔接（证据等级：低；推荐强度：条件推荐）。

（二）质量控制与生物安全

检测结果的可靠性依赖于覆盖分析前、中、后的全面质量管理体系。实验室应遵循中国合格评定国家认可委员会（China National Accreditation Service for Conformity Assessment，CNAS）-CL02《医学实验室质量和能力认可准则》（等同采用ISO15189）、《医疗机构临床基因扩增检验实验室管理办法》、GB/T39367-2025及GB/T46943-2025等规范，确保检测系统性能经过验证或确认且处于受控状态 ^{［ 60 , 61 , 62 , 63 ］} 。

1. 质量控制：各类病原学检测均应建立标准化操作规程，常态化开展室内质控并参加室间质评。传统微生物学方法应规范执行标本合格性评估（如下呼吸道标本细胞学评价）、涂片镜检与培养的标准化操作、药敏试验的纸片或自动化药敏方法学验证及临床折点动态更新。分子实验室应严格执行空间物理隔离与防污染管理；NGS检测应规范设置内参照与无模板对照，并建立本地化的背景微生物基线库及严格的数据库版本控制 ^{［ 63 ］} 。POCT项目应纳入实验室统一质量管理，涵盖操作人员培训与授权、方法学比对等，并确保检测结果接入医院信息系统 ^{［ 25 ］} 。

2. 分级报告与MDT协作：病原学报告应兼顾规范性与临床可读性。传统微生物学检测应规范报告形态学、菌落计数、菌种鉴定及药敏试验结果。NGS检测结果宜采用分级报告模式 ^{［ 60 ］} ，依据检出序列数、相对丰度及致病相关性等对微生物的潜在临床意义进行分层提示，并附带关键质控参数 ^{［ 8 ， 42 ］} 。检验人员应积极参与MDT，对复杂报告（如传统微生物学方法与分子检测结果不符、多病原检出、罕见病原或检出序列数未达报出阈值但临床高度怀疑），结合临床表型协助综合判读，必要时启动针对性的延伸检测 ^{［ 8 ， 16 ］} 。

3. 生物安全：呼吸道感染性样本的常规检测应在符合生物安全二级（biosafety level 2，BSL-2）要求的实验室中开展，并根据操作环节的暴露风险实施分级防护：涉及标本前处理、手工核酸提取、病原培养及开放式加样等易产生气溶胶的环节，应在Ⅱ级生物安全柜内进行；对于全封闭自动化核酸提取设备或“样本进—结果出”的全封闭POCT系统，操作区域需具备良好通风或局部排风；操作人员应定期接受生物安全培训，规范使用个人防护装备；感染性医疗废物（含POCT废弃卡盒、试剂条等）均须按规处置 ^{［ 64 ］} 。疑似高致病性病原体（如结核分枝杆菌复合群等）的操作须严格依据国家相关法规及风险评估，在相应等级的生物安全实验室中进行 ^{［ 65 ］} 。

推荐意见15 医疗机构应建立RTI病原学检测的全流程质量管理体系，确保检测系统经过性能验证或确认且处于受控状态；制定并严格执行标准操作规程，常态化开展室内质控并参加室间质评；POCT项目应纳入实验室统一质量管理；病原学报告应兼顾规范性与临床可读性；NGS检测宜采用分级报告并附关键质控参数；检验人员应积极参与MDT，对传统方法与分子检测结果不一致、多病原检出或罕见病原等复杂报告，结合临床表型协助判读，必要时延伸检测（证据等级：中；推荐强度：强推荐）。

推荐意见16 呼吸道感染性样本的常规检测应在BSL-2要求的实验室开展，并根据不同操作环节的暴露风险实施分级防护。实验室应定期开展生物安全培训，规范使用个人防护装备，并按规定处置感染性医疗废物；疑似高致病性病原体的操作须遵循国家相关生物安全法规（证据等级：高；推荐强度：强推荐）。

（三）重要耐药病原体的主动筛查与感染防控衔接

针对碳青霉烯类耐药肠杆菌目细菌（carbapenem-resistant Enterobacterale，CRE）、碳青霉烯类耐药鲍曼不动杆菌（carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii，CRAB）、碳青霉烯类耐药铜绿假单胞菌（carbapenem-resistant Pseudomonas aeruginosa，CRPA）、耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（methicillin-resistant Staphylococcus aureus，MRSA）及耳念珠菌等重要耐药病原体，病原学检测除明确感染诊断外，还应与主动筛查及医院感染防控相衔接。对收治于ICU、合并HAP/VAP、接受实体器官或造血干细胞移植、免疫功能低下及近期于耐药菌高流行机构住院或由外院转入的高危患者，宜结合本地流行病学开展目标性主动筛查 ^{［ 66 , 67 ］} ：CRE、CRAB、CRPA可采集肛拭子或粪便，MRSA可采集鼻拭子，耳念珠菌可采集腹股沟及腋下皮肤拭子，并优先采用选择性培养或快速分子检测 ^{［ 68 ］} 。筛查及临床检出结果应经危急值或预警机制及时反馈临床与医院感染管理部门，对确诊或定植者落实接触隔离、单间或同种集中安置、手卫生及环境清洁消毒等措施 ^{［ 67 ］} ，耳念珠菌污染环境还需加强终末消毒 ^{［ 69 ］} 。上述措施应与抗微生物药物管理协同，筛查范围与频次依本地流行病学动态确定，避免不加选择的普遍筛查。

推荐意见17 针对CRE、CRAB、CRPA、MRSA及耳念珠菌等重要耐药病原体，应将病原学检测与主动筛查及医院感染防控相衔接；对高危患者结合本地流行病学开展目标性主动筛查，优先采用选择性培养或快速分子检测，检出后经危急值或预警机制及时通报，落实接触隔离、单间或同种集中安置、手卫生及环境清洁消毒等措施，并与抗微生物药物管理协同实施（证据等级：中；推荐强度：强推荐）。

（一）未来展望

RTI病原体诊断技术仍处于较快发展阶段，未来发展方向主要包括：（1）分子POCT进一步向操作简便化、多重靶标化和结果快速化发展，基于症候群的微流控多重分子POCT设备有望在急诊、ICU、发热门诊及基层医疗机构中发挥更大作用 ^{［ 25 ］} ；（2）全自动分子诊断流水线整合原管上机、核酸提取、体系配制、扩增及智能分析等全流程，可在高发季节提高标准化筛查效率并降低人工操作相关的气溶胶污染风险；（3）以纳米孔测序为代表的第三代测序技术在重症RTI的快速病原鉴定及耐药基因分析方面具有探索价值 ^{［ 28 ］} ；（4）病原学检测与宿主免疫应答（如转录组学）等多组学方法结合，配合AI辅助分析，有望为定植与感染的鉴别和复杂感染的精准诊疗提供新思路。建议建立新技术的准入评估机制，并每1~2年对本共识进行动态评估与更新。

（二）共识局限性

本共识虽经多学科专家组充分讨论并采用改良德尔菲法表决，但仍存在以下局限：（1）循证证据局限性：tNGS、mNGS等新兴技术在部分临床场景下尚缺乏大规模多中心前瞻性随机对照试验数据支持，相关推荐在一定程度上依赖专家经验和现有有限证据；（2）时效性的阶段性：呼吸道病原体流行病学特征动态变化，分子诊断与测序技术更新较快，本共识内容具有阶段性特征，将适时更新；（3）地域与资源异质性：我国各级医疗机构在实验室条件、专业人员能力及卫生经济学环境方面存在差异，建议各机构结合自身情况进行适应性调整；（4）卫生经济学证据不足：现有分级检测路径尚缺乏基于我国医疗体系的系统成本与效果评估；（5）适用范围：本共识仅作为临床诊疗与实验室实践的参考，不替代医师基于患者个体情况作出的独立判断，亦不作为科研方案设计或法律文书的依据；部分罕见病原体的检测策略不在本共识讨论范围内。儿童、孕产妇等特殊人群的疾病特异性诊断、治疗与免疫预防应参照相应专科指南执行。