找回密码
 立即注册

QQ登录

只需一步,快速开始

  • QQ空间
  • 回复
  • 收藏

利用全基因组测序进行SMA诊断与携带者筛查

面气灵 2020-3-3 127人围观 技术

目的:
脊肌萎缩症(SMA)是由SMN1基因缺失引起的,是导致儿童早期死亡的主要原因之一。由于SMN1和SMN2的序列几乎完全相同,因此对该区域的分析非常具有挑战性。美国医学遗传学和基因组学学会(ACMG)建议在人群中进行SMA筛查,以确定SMN1拷贝数(CN)。
 
方法:
我们开发了一种利用全基因组测序(WGS)数据通过分析SMN1/2之间的测序深度和8个差异SNP准确识别SMN1和SMN2的CN的方法。
 
结果:
我们在12747个全基因组中对SMN1/2进行了鉴定,鉴定出1568个具有SMN1增加或缺失的样本和6615个具有SMN2增加或缺失的样本,并计算出与先前研究一致的2%的泛种族携带者频率。此外,99.8%的SMN1和99.7%的SMN2拷贝数通过经典方法得到了验证,其中SMA患者和携带者的查全率分别为100%和97.8%,SMA患者和携带者的准确率均为100%。
 
结论:
这个SMN拷贝数分析软件可以用来识别SMA的携带者和患者,使得SMA测试可以作为新生儿护理的综合测试和WGS测序项目中的携带者准确筛查工具。
 
  
游侠划重点
 
  关于SMA与基因诊断,本公众号之前有一篇文章详细地进行了介绍,说实话第一眼看到这个题目就感觉杀鸡用牛刀,普通的定量PCR都能检测的项目你用WGS不是太浪费了吗?不过看了下作者单位原来是Illumina公司的,人家不差钱,不过话说回来,这篇文章还是有点干货的。


  之前游侠一直对外显子7-8缺失比较困惑,这篇文章就说清楚了。之前有文献报导SMN1和SMN2都会发生exon7-8的缺失,但是这篇文章证明了只有SMN2发生了exon7-8的缺失,那是怎么证明的呢?简单来说就是通过配对reads,结合断裂点与SMN2特异的SNP来确定的,从文章中看SMN27–8是没有功能的,那它有什么意义呢?


       SMN2并不是完全没有功能,它大概可以保留10%的SMN1的功能,SMN2拷贝数的多少可以影响疾病的严重程度,一般来说拷贝数越多症状越轻,但是这个SMN27–8是完全没有功能的,并且有文献报导SMN27–8拷贝数与完整的SMN2拷贝数是呈反比的,换句话说SMN27–8拷贝数越多,患者的症状可能越严重。



文章还分析了不同人种SMN27–8差异,东亚人群基本上不携带这种SMN27–8,欧洲人种携带的频率比较高,对于东亚患者某种程度上来说,这是一种遗传优势。
 
看了这篇文章后,游侠觉得从原理上来说,WES也可以分析SMN27–8拷贝数,赶紧尝试优化WES分析SMA流程,但是没有看到任何改进结果,推测是由于中国人几乎不携带SMN27–8。
 另外文章中也谈到WGS可以检测c.*3+80T>G,这个SNP与2+0型携带者密切关联,一定程度上可以避免假阴性。
 
文章还公布了使用的免费的开源软件
https://github.com/Illumina/SMNCopyNumberCaller.

来自: 基因检测与解读
我有话说......