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RT-qPCR——欠缺重复性的分析

归去来兮 2021-12-27 04:42 PM 2095人围观 技术


Real-Time qPCR(RT-qPCR)优点众多,目前已成为生命科学领域的一项常规技术,越来越多的研究文章中涉及到RT-PCR实验,也基本上被Real-Time qPCR所替代。近十几年来,RT-qPCR的论文大量发表,仍面临着专业规范的问题。

主要表现在以下两个方面>>


01  70%-80%提供数据仍不采用PCR实验指南(MIQE)数据规范及实时定量PCR数据的结构化语言和报告指南(RDML)语言规范,表达不规范、说服力不足、结果表述不清、数据无法重复等问题导致被撤稿。


0 追求试剂“低价”或“品牌崇拜”,缺乏科学的试剂质量评价 方法,方法体系的不严谨将造成错误的结论。

以“”real time PCR”为关键词在 Pubmed 检索到的年度论文数



2017年Stephen Bustin等调查显示——说一套,做一套,RT-qPCR是分子生物研究中缺乏重复性的典范。(Talking the talk, but not walking the walk:RT-qPCR as a paradigm for the lack of reproducibility in molecularresearch)作者指出许多分子生物学研究缺乏重现性的根本原因是分子测量方法报告不充分。RT-qPCR是RNA定量最直接的测量技术之一,广泛应用于研究、诊断、法医和生物技术应用,尽管定量PCR实验指南(MIQE)旨在提高RT-qPCR数据报告的规范性和透明度,但调查显示错误的试验方法、不适当的数据分析和不充分的报告仍然普遍存在,大多数已发表的RT-qPCR数据可能造成实验结论误导。



01

结果再现性问题

2013年,《自然》(Nature)杂志发表的一篇论文综述得出结论,自MIQE指南发布以来,有关RT-qPCR方案的必要信息的报告实际上有所恶化。虽然指南强烈建议纳入必要的技术信息,但分析的10篇论文中没有一篇报道了这一信息。这意味着没有向读者提供任何有关RNA完整性、RNA纯度、RT条件或PCR效率的信息,而且所有的出版物都使用了一种不恰当的数据分析方法,这种方法在15年前已经被质疑。作者对《自然》杂志的20篇近期论文进行了重复分析,得出了基本相同的结论。更讽刺的是,报道透明度与期刊的影响因子呈负相关。


20个出版物提供的关于RT-qPCR的技术信息摘要







02

研究RNA表达的方法


RNA图谱分析依赖于多种方法,有些方法相对简单,有些方法则复杂得多,有些方法限制于低通量,还有一些方法允许并行处理大量样本。作者对目前使用的主要RNA分析方法进行了简要概述,阐述了许多使用基于RNA的方法发布的数据的可靠性和生物/临床相关性引发激烈辩论的问题,并阐明了导致这些结果不可靠且需要修正的各种原因


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来源: toroivd
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