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细菌根据致病性可以分为共生菌、条件致病菌和致病菌。共生菌是指与生物体共同生存的细菌，人体内的共生菌对人体有益。致病菌则是指可以侵犯人体，引起感染甚至传染病的微生物,比如炭疽芽孢杆菌、鼠疫杆菌、肉毒梭菌和破伤风梭菌等常见致病菌。条件致病菌，也被称为机会性致病菌，是指有些细菌在正常情况下并不致病，但在某些特殊条件下，如宿主免疫防御机制受到损害时可以致病。
正常菌群与宿主之间、正常菌群之间，通过营养竞争、代谢产物相互制约等因素，维持着良好的生存平衡。在某些条件下这种平衡关系被打破，原来不致病的正常菌群中的细菌可以成为致病菌，即条件致病菌。 1、机体免疫功能减弱，正常菌群进入组织或血液扩散，引起自身感染。例如皮肤粘膜受伤（特别是大面积烧伤）、恶性肿瘤患者放化疗后、身体受凉、过度疲劳和长期消耗性疾病等，可导致条件致病菌的感染。 2、条件致病菌寄居部位改变，发生了定位转移，也可引起疾病，例如大肠杆菌进入腹腔或泌尿道，可引起腹膜炎、泌尿道感染。 3、菌群失调，是指机体某部位正常菌群中各菌种间的比例发生较大幅度变化而超出正常范围的状态，如长期大量应用广谱抗生素导致大多数敏感菌和正常菌群被抑制或杀灭，但耐药菌则获得生存优势而大量繁殖致病。
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