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当病毒遇见mNGS

面气灵 2019-6-11 25人围观 杂谈





在人类的传染病中约75%以上是由病毒感染所引起,在冬季呼吸道传染病中,由病毒引起者占90%以上。病毒性疾病传染性极强,传播速度快,尤其是HIV、SARS和MERS冠状病毒、埃博拉病毒、高致病性禽流感病毒H5N1和H7N9,更甚的是近年来正蔓延流行的H1N1甲型流感病毒都严重威胁人类健康。因此,病毒性疾病的诊断与防治都面临新的挑战。


病毒的分离与鉴定是病毒病原学诊断的金标准,但因病毒是严格细胞内寄生,须在活的易感细胞培养,故病毒的分离鉴定较困难、繁杂,且需时很长,随着分子病毒学的发展,临床上现已不断建立新的快速诊断的方法。


因此,今天小编来讲的就是一种新的方法,基于宏基因组的新一代测序技术术(metagenomics next generationsequencing, mNGS) 不依赖于传统的培养技术,直接对临床样本中的核酸进行高通量测序,然后与数据库进行比对分析,根据比对到的序列信息来判断样本包含的病原微生物种类,能够快速、客观的检测临床样本中的较多病原微生物(包括病毒、细菌、真菌、寄生虫),且无需特异性扩增。


废话不多说,看一看我们的一个case:

患儿男,8岁,因“反复抽搐20余次,昏迷一天”,入院治疗。患儿发病前有感冒症状,表现为鼻阻,流涕,但无发热,咳嗽等。无吐泻,纳可,大小便正常。3天前患儿突然倒地抽搐,表现为强直样发作,双眼凝视,口唇发绀,呼之不应。但无口吐白沫,两便失禁的情况。持续约数分钟后缓解。缓解后便进入昏迷状态。家属立即带患儿到医院诊治,予颅CT,腰穿查脑脊液常规,生化,均正常,在当地于抗感染(具体不详)治疗2天后,病情无缓解,遂转院进一步治疗。通过采集脑脊液进行高通量测序,短短24小时,脑脊液中检测出来均为Human parvovirus  B19 / 人类微小病毒 B19,后与医院培养结果相适应。

 

在临床上,如果遇到以下几种情况:

1)病情危重需要尽快明确病原体;

2)特殊病人如免疫抑制宿主,合并基础疾病,反复住院的重症感染患者需要尽快明确病原体

3)传统微生物检测技术反复阴性且治疗效果不佳;

4)疑似新发病原体,临床上提示可能有一定的传染性;

5)疑似特殊病原体感染;

6)长期发热和/或伴有其他临床症状,病因不明感染。

符合以上 适应症的患者,应尽快送标本进行检测。

来自: 基因谷
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